نقایص پاپ اسمیر عبارتند از:
١-کاربرد شیوه های نادرست در تهیه نمونه پاپ اسمیر
٢-وجود سلولهای التهابی در نمونه پاپ اسمیرکه به علت خصوصیات غیر طبیعی شان با سلولهای سرطانی قابل افتراق نبوده و تفسیر این تست را مشکل می کند .(HSIL)

٣-میزان پاسخ منفی کاذب در یک آزمایش منفرد پاپ اسمیر در مورد ضایعات داخلی مخاط سنگفرشی درجه بالا (HSIL) وسیع بوده و حداقل 30-20 در صد می باشد.سهل انگاری در تهیه نمونه در نتیجه عدم کفایت نمونه سلولی و نیز اشتباه در تفسیر آن از سوی آزمایشگاه دو عامل مهم و بدیهی در بروز موارد پاسخ منفی کاذب می باشد.

علل مرگ و میر ناشی از سرطان دهانه رحم در زنان را معلول موارد زیر می دانند:
١-عدم غربالگری منظم در زنانی که در معرض عوامل خطر زا قرار دارند.۵۵ درصد

٢-عدم آفایت نمونه سلولی جمع آوری شده یا اشتباه در تفسیر آن می تواند موارد منفی کاذب را به ۶٠ برساند .
حتی در بهترین آزمایشگاهها حدود یک سوم موارد منفی کاذب به اشتباهات آزمایشگاهی مربوط می شود و مابقی معلول عدم دقت در تهیه نمونه و ناکافی بودن نمونه تهیه شده می باشد. ذکر این نکته حائز اهمیت است که اشتباه در  تفسیر نتیجه اسمیرازسوی آزمایشگاه می تواند حاصل عدم کفایت اسمیر تهیه شده باشد و بهبود در کیفیت تهیه اسمیر قطعا" سبب کاهش میزان موارد منفی کاذب آزمایش می شود.
یک زن انتظار دارد که اگر سرطان دهانه رحم و یا یک ضایعه واضح سرطانی دارد بجای معاینات و آزمایشات مکرر و طولانی که ضمن اتلاف وقت سبب پیشرفت بیماری می گردد، طی معاینات اولیه بیماری وی تشخیص داده شود . این توقع، خواسته نامعقولی نیست و مستلزم آن است که مراکز مراقبتهای بهداشتی برنامه های غربالگری خود را با اطلاع و احساس مسئولیت انجام دهند.به گونه ای که نمونه سلولی تهیه شده حاوی سلولهای مناطقی از دهانه رحم باشد که در آن احتمال استقرار بیماری بیشتر است و کفایت لازم را جهت مطالعات آزمایشگاهی دارا باشد.

(Adequacy) : کفایت نمونه
سه فرم کلی وجود دارد:

1) Satisfactory (نمونه رضایتبخش و یا مورد قبول )
برگه ارسالی باید حاوی اطلاعات دموگرافیک و بالینی کامل باشد. سطح لام را نمونه حاوی سلولهای اسکواموس بپوشاند. سلول کافی (10-20%)  حداقل ٢ کلاستره ۵ سلولی سلول اندوسرویکال و یا موکوس سرویکال دیده شود .
خون ، عفونت ، مواد خارجی سطح وسیعی از نمونه را نپوشانده باشد (کمتر از ٢۵ % نمونه)

2) Unsatisfactory
ناقص بودن اطلاعات دموگرافیک

 خون ، عفونت ، مواد خارجی سطح وسیعی از نمونه را پوشانده باشد (بیشتر از ٧٠ % نمونه) ، عدم وجود سلول یا موکوس اندوسرویکال بطوریکه نمونه قابل خواندن نباشد در اینصورت تکرار نمونه گیری لازم است .

3) Less than optimal زیر حد مطلوب
ناقص بودن اطلاعات بالینی
وجود خون PMN فیکسیاسیون غلط ، ضخامت نمونه ، مواد خارجی ، اتولیز به نحوی که 50%-70% مواد پوشیده شده و قابل رویت نباشد .
نکته: تکرار نمونه برداری در موارد LTO .لزومی ندارد مگر اینکه شک بالینی یا سیتولوژیک قوی به وجود عوامل پاتولوژیک داشته باشیم.
تغییرات واکنشی : تغییرات واکنشی در سلولها معمولا غیر اختصاصی است و به عامل به وجود آورنده آن وابسته نیست .عفونت یک علت شایع است ولی واکنش به دنبال ضربه و ترمیم محل ضربه دیده هم بوجود می آید .
در گردن رحم ضربه شامل امور درمانی از جمله کوتر کردن ، دیاترمی و لیزر درمانی هم می گردد همچنین تغییرات سلولی اختصاصی نیز دیده می شوند که می توان با آنها عامل محرک را تشخیص داد. این گونه تغییرات بعد از اشعه درمانی یا زمانی که داروهای  یتوتوکسیک یا استروئیدی مصرف می شوند به وجود می آیند . همچنین عفونت های ویروسی هم می توانند تغییرات اختصاصی در سلولها به وجود آورند .

درمورد تغییرات واکنشی اشاره به چند نکته ضروری است .
١-بافت نرمال سرویکس حاوی تعدادی سلول التهابی است آه این موجب می شود تا حد خاصی از این سلولها گزارش نشود .
٢-التهاب و عفونت دو فرم مجزا هستند التهاب می تواند تحت اثر عوامل عفونی، شیمیایی، آلرژیک وتحریکات مکانیکی ایجاد شود در حالیکه عفونت نشانگر تاثیر گذاری یک عامل عفونی مثل میکروب قارچ ، ویروس یا انگل هاست .
٣-روشهای بررسی مختلفی با توجه به هدف بررسی ونکته مشکوک بالینی وجود دارد درمواردیکه عفونت ها عامل نمونه برداری باشند دید مستقیم و کشت وآنتی بیوگرام موثر است در حالیکه در ضایعات اپی تلیال از نمونه برداری برای تست پاپا نیکولائواستفاده می کنیم .
۴-فرم سرویسیت فولیکولر در واقع پاتولوژیک است نه سیتولوژیک ونشانگر التهاب مزمن دربافت می باشد.

فرم تغییرات سلولی بیانگر دو وضعیت است :
الف- وجود سلولهای ترمیمی ( repair cells)
ب- وجود متاپلازی (Metaplesia)
- در اینجا به وجود ضایعات اپی تلیال به علت مطرح شدن آنها در یک مبحث دیگر اشاره نمی شود .
glandular abnormality -آنور مالی های غددی
ظهور سلولهای آندومتری در اسمیرهای سرویکس دو تا سه روز قبل از قاعدگی در دوران قاعدگی و چند روز پس ازآن یک رویداد طبیعی است . در بعضی از زنان در روز وسط دوره ماهیانه (روز تخمک گذاری ) می توان تعداد اندکی سلول آندومتری را در اسمیر رویت کرد که این حالت ممکن است با درد تخمک گذاری همراه باشد.
استفاده می کنند نیز در طول دوره ماهیانه می توان سلولهای آندومتری را در اسمیر مشاهده IUD در خانمهایی که از کرد . اما اگر بغیر از موارد و زمانهای گفته شده سلول آندومتری در اسمیر رویت گردد. بایستی جستجوی بیشتری انجام شود . خصوصا اگر در دوران پس از منوپوزدر اسمیر، سلول آندومتری دیده شود حتی اگر این سلولها ظاهر ا طبیعی باشند اغلب نشانه بیماری هستند .
-میکروبیولوژی: اگر چه پاپ اسمیر تست تشخیص سیتولوژی است اما اغلب امکان تشخیص عامل عفونت زا  اسمیرهای گردن رحم وجود دارد .
-ارزشیابی هورمونی: در پاسخ به تست سیتولوژی واژن انجام می شود وتناسب بین سیکل قاعدگی و سن فرد را نشان می دهد .